企业档案管理系统机构可以通过以下方式保证档案管理的安全性：

实施用户权限管理：为每个用户分配适当的权限级别，限制对档案的访问和操作。

强化身份验证：采用多因素身份验证，如用户名密码、指纹等，确保只有授权用户才能访问。

数据加密与备份：对档案数据加密存储，并定期进行数据备份，以防数据丢失或损坏。

安全传输：采用安全的传输协议，确保档案数据在传输过程中的安全性。

这些措施共同构成企业档案管理系统机构的安全保障体系。